Pode ser alterado o foro de eleição em contrato administrativo?

Em certas circunstâncias sim.
Foi o que decidiu o TRF/5ª Região, no AGTR 101852-SE - 2009.05.00.098704-3 (julgado de 30.09.2010), que entendeu:

... 2. O CONTRATO SOB ANÁLISE FOI FIRMADO EM DECORRÊNCIA DA LICITAÇÃO NA MODALIDADE CONCORRÊNCIA, EDITAL Nº 052/2007, CONSTANDO A CLÁUSULA DEZOITO QUE O FORO ELEITO PELAS PARTES PARA DIRIMIR QUESTÕES DELE ORIUNDAS É O DA JUSTIÇA FEDERAL DA SEÇÃO JUDICIÁRIA DO DISTRITO FEDERAL. 3. O ART. 55 DA LEI 8.666/93, EXPRESSAMENTE PREVÊ EM SEU PARÁGRAFO 2º, COMO CLÁUSULAS NECESSÁRIAS A TODO O CONTRATO CELEBRADO PELA ADMINISTRAÇÃO PÚBLICA COM PESSOAS FÍSICAS E JURÍDICAS, A NECESSIDADE DE CONSTAR CLÁUSULA QUE DECLARE COMPETENTE O FORO DA SEDE DA ADMINISTRAÇÃO PARA DIRIMIR QUALQUER QUESTÃO CONTRATUAL. 4. NA HIPÓTESE, A PRODUÇÃO DE PROVA PERICIAL DEVERÁ SER REALIZADA NA OBRA OBJETO DO CONTRATO, NO CASO A IMPLANTAÇÃO DE UM SISTEMA DE ESGOTO SANITÁRIO NO MUNICÍPIO DE AMPARO DO SÃO FRANCISCO/SE. PERMITIR-SE O CUMPRIMENTO DA AVENÇA NO TOCANTE AO FORO DE ELEIÇÃO EM BRASÍLIA-DF, EQUIVALERIA A INVIABILIZAR, OU DIFICULTAR SOBREMANEIRA A PRODUÇÃO DA PROVA OBJETIVADA NA AÇÃO CAUTELAR DE QUE CUIDA A EXCEÇÃO DE INCOMPETÊNCIA. 5. EMBORA NÃO SE DESCONHEÇA QUE A REGRA DEVE SER A PROPOSITURA DA AÇÃO NO LOCAL ACORDADO PELAS PARTES, NÃO SE PODE NEGAR A GARANTIA OBJETIVA DE ACESSIBILIDADE AO PODER JUDICIÁRIO, NEM TAMPOUCO, PERMITIR-SE QUE O CUMPRIMENTO DA AVENÇA NO FORO DE ELEIÇÃO POSSA INVIABILIZAR, OU DIFICULTAR SOBREMANEIRA A PRODUÇÃO DA PROVA. 6. IMPÕE-SE AFASTAR A CLÁUSULA DE ELEIÇÃO DO FORO, DETERMINANDO-SE O PROSSEGUIMENTO DO FEITO NA 1ª VARA FEDERAL DE SERGIPE. 7. AGRAVO DE INSTRUMENTO PROVIDO.

É evidente que, num caso como esse, não se pode admitir a regra editalícia, sob pena de se afastar (ou, no mínimo, dificultar/onerar) o amplo e livre acesso ao Judiciário.